三重県では、県内事業者の自主的な環境負荷低減の取組を促進するため、環境の国際規格であるISO14001の導入推進の一環として中小企業等の認証取得支援を行っており、現時点で県内の585の事業所がISO14001を認証取得しています。

一方、県内事業者の9割以上を占める小規模事業者においては、経費や労力の面から環境マネジメントシステムの導入が進みにくい現状にあります。

M-EMSは、小規模事業者等を中心に、幅広い県内事業者の環境負荷低減取組を促進することを目的に、取り組みやすく、費用負担の少ない環境マネジメントシステムの制度（仕組み）となっています。

M－EMS認証機構（旧 M－EMS認証事業部）において規格・運用・マニュアル等の制度運用を行うとともに、審査員を登録して、認証を行う「第三者認証」です。

M－EMSは、みえ環境県民運動協議会（通称・みえ環境創造リーグ）内にM－EMS認証事業部を設置して平成16年9月1日から運営しておりましたが、平成20年10月1日、M－EMS認証機構に名称を改めました。